儿童自闭症医学界认为主要与遗传因素有关，此外，与母亲怀孕期间因环境、病毒、不良行为导致基因变异有关。
社会上还有不少人认为与教养方式、环境有关，孩子肠道病菌等、但这几点得不到论证。
最主要的还是遗传导致的，孩子有自闭症，那么孩子的父母或者爷爷奶奶可能也存在，只是轻重上的差别。
还有就是母亲怀孕期间因病毒交叉感染，如，巨细胞病毒交叉感染、EB病毒及变异感染等。
目前有更多的证据表明自闭症是先天的，和后天几乎没什么关系。
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